"Vai estar chovendo" em inglês se diz "It will be raining".
Para formar essa expressão em inglês, utilizamos o futuro do verbo "to be" (ser/estar) seguido do gerúndio do verbo "to rain" (chover).
O futuro do verbo "to be" é formado pela conjugação do verbo auxiliar "will" seguido do verbo principal no infinitivo, que nesse caso é "be". Já o gerúndio do verbo "to rain" é formado pela adição da terminação "-ing" ao final do verbo.
Portanto, para dizer "vai estar chovendo" em inglês, basta combinar essas duas estruturas: "It will be raining".